Varhany jsou majestátní klávesový nástroj s jedinečným zvukem, často spojovaný s chrámovou a koncertní hudbou. Jejich široká škála rejstříků umožňuje bohaté zvukové variace. Hra na varhany vyžaduje koordinaci rukou i nohou, rozvíjí soustředění, techniku a hudební cit. Žák začíná hrou na klavír a později (od 5.r.) přechází na varhany. Výuka probíhá individuálně.  Po absolvování přípravného ročníku je délka studia následující: I. stupeň – 7 let, II. stupeň – 4 roky. Absolventi se uplatňují jako varhaníci v kostelech, korepetitoři, či pokračují ve studiu na konzervatořích a vysokých školách s hudebním zaměřením. Vedoucí oddělení – Helena Němečková.